Pildianalüüs bioteadustes

08.11.2024

Toimumise aeg

Vaata kõiki kursusi

Vaata lähemalt

Maht

1 EAP (26 tundi)

Õppetöö vorm

põimõpe

Toimumiskoht

Tartu

Hind

tasuta

Õppejõud

Miriam Ann Hickey
Kallol Roy
Philip Paškov
A G M Zaman

Õppekava rühm

Tervis ja heaolu, mujal liigitamata

Õppekeel

Inglise

Eesmärk:

Tutvustada automatiseeritud ja poolautomatiseeritud pildianalüüsi bioteadustes. Üliõpilastele tutvustatakse tarkvara, sealhulgas ImageJ, CellProfiler, QuPath, tehisarul põhinevat analüüsi NumPy ja Tensorflow/PyTorch ning looma publitseerimisvalmis pildid, kasutades InkScape

Sihtrühm:

Doktorandid (kõik aastakäigud), magistriõppe üliõpilased, doktorantide juhendajad kõikidest Eesti ülikoolidest.

Täiendav info

Kursuse õpiväljundid:

Üliõpilane peab koostama andmekogumi, kasutades programme ImageJ, CellProfiler, QuPath, NumPy and Tensorflow/PyTorch ning looma publitseerimisvalmis joonise, kasutades InkScape

Õppejõud:

Miriam Ann Hickey - PhD
Kallol Roy - PhD
Philip Paškov - loodus- ja täppisteaduste valdkond (LT), täiendusõppija
A G M Zaman - loodus- ja täppisteaduste valdkond (LT), külalisüliõpilane

Content:

Teema	Maht	Õppejõud
1. Pildianalüüs bioteadustes	2	Miriam Ann Hickey
2. Pildianalüüs bioteadustes	1	Miriam Ann Hickey
3. Pildianalüüs bioteadustes	3	Kallol Roy
4. Pildianalüüs bioteadustes	2	Miriam Ann Hickey
5. Pildianalüüs bioteadustes	2	Miriam Ann Hickey
6. Iseseisev töö	13	Miriam Ann Hickey
7. Pildianalüüs bioteadustes	3	Miriam Ann Hickey

Hinnainfo:

Tasuta

Toimumiskoha info:

Tartu linn Biomeedikum, Ravila 19, 50411 Tartu, aud. 1038

Õppekeskkonna kirjeldus:

1-päevane kursus

Toimumise ajakava ja lisainfo:

Loengud toimuvad ühe päeva jooksul, 08. novembril 2024, algavad kell 9.30 ja lõpevad 17.45.

Nõuded lõpetamiseks:

Home assignment is due within 1 week of the 1-day intensive course. Submission of home assignment within course Moodle page. Students were present for the entire 8 hours of lectures.

Õpiväljundite saavutatuse hindamise viis:

Eristamata (arv, m.arv, mi)

Hindamismeetodid:

Kodutöö

Hindamiskriteeriumid:

Home assignment is due within 1 week of the 1-day intensive course. Submission of home assignment within course Moodle page (Pass-fail). Fail Publication-ready figure not submitted or publication-ready image is of very poor quality (e.g., no legend, very poor format) Pass Publication-ready figure is of sufficient quality (e.g., legend is sufficient for understanding of figure content, statistics are appropriately applied, images are of sufficient quality and are appropriate for the graphs, graphs are appropriately formatted)

Väljastatav dokument:

tunnistus

Täiendav info:

Miriam Ann Hickey, miriam.ann.hickey@ut.ee, +372 +372 737 4361

Programmi kood:

MVBS.TK.020

Piirarv on täis

Täiendusõppe üldinfo:

Elukestva õppe keskus

Ülikooli 18, Tartu, 50090

+372 737 6213

taiendusope@ut.ee